Pomidoroff, начиная с cs3 фотошоп превращает альфу из EXR автоматом в прозрачность
http://forums.adobe.com/thread/369637тут велась перепалка с идиотом из адобов, где пытались ему объяснить что это бред (там даже были люди из ИЛМ, котрые собственно экср формат и создали, и из других крупных фирм)
ProEXR , как указал Артем - это выход
Pancir, с пнг ничегошеньки не поделаешь...там прозрачность автоматом тоже задается...сохранять либо в тиф/тга(если до 8бит на канал) либо пнг конвертировать в жпеги сторонним софтом